Говоря о многоуровневой структуре научного знания, важно обратить внимание на следующее: нижние подуровни, которые теория трактует как существенно эмпирические, определяются внутри самой теории; их выделение происходит по многим основаниям: оно зависит от контекста самого исследования, а также от состояния технических исследовательских средств и возможностей данной науки. Иными словами, вопрос о наблюдаемости является как бы внутренним делом самой теории, вхоДит в состав теоретического контекста. Это означает, что, когда мы поднимаем вопрос о реальности того или иного объекта научной теории, о его эмпирической интерпретации, мы всегда поднимаем его, находясь в каком-то языке, с каких-то позиций. Это важный момент. Нельзя спрашивать «вообще» о существовании того или иного познаваемого объекта. В ходе научного продвижения разворачивается сложная игра концептуальных уровней и позиций. Здесь переплетаются вопросы теоретические (об интерпретациях той или иной сущности) и вопросы методологические (каким образом получено то или иное утверждение). Тема взаимоотношения уровней достаточно деликатна. Поэтому нужно учитывать конкретные обстоятельства. Так, говоря о том, что эмпирические уровни определяются внутри самой теории, легко впасть в крайность иного рода: полагать, что они являются абсолютной собственностью теории и не имеют самостоятельного значения.
Но это означало бы, что каждая теория создает свой собственный мир, так что две различные теории просто не могут пересекаться на почве фактов (т.е. являются несоизмеримыми, см. подробнее в § 4.4). Конечно же не следует преувеличивать степень зависимости эмпирического базиса от конкретных теорий. Хотя эта зависимость в современной науке весьма высока, в целом можно утверждать, что существуют, вообще говоря, различные степени самостоятельности эмпирического материала. В определенных ситуациях один и тот же эмпирический базис может осмысливаться в различных теориях, не зависимых друг от друга, часто альтернативных друг другу. Это означает, что он обладает определенной автономией. Разумеется, в таких областях, весьма далеких от мира повседневности, как, скажем, физика микромира, эмпирический базис тесно связан с развитой и весьма сложной теорий, так что, как указывает У. Куайн, мы не можем в общем случае разделить, о чем мы говорим в данной теории (т.е. референт теории) и что мы говорим (т.е. выявляемые характеристики этого референта)’. Однако это положение не следует абсолютизировать.